논문은 창의적 주장을 논증의 방법으로 논리적으로 기술하는 글이다. 논증의 방법으로 논거(論據)를 제시하고 추론(推論)을 전개해야 한다.

논거는 논리 전개의 증거가 되는 근거인데, 논문에서 창의적인 주장을 하기 위한 근거라고 할 수 있다. 일반적으로 사실논거와 소견논거(의견논거)로 나눈다. 사실논거는 직접 경험, 현장 조사, 문헌 조사, 실험 등으로 얻은 논거이며, 자의적으로 조작하거나 변조하지 않아야 한다. 소견논거는 타당하다고 이미 입증된 기존의 견해를 가리키는데, 널리 알려진 학계의 통설이나 권위자의 주장이 포함된다. 소견논거를 확보하기 위하여 자신이 주장하고자 하거나 제기된 쟁점과 관련된 선행 연구의 도움을 받을 수도 있다. 선행 연구 검토는 쟁점 발견과도 연관되지만 소견논거를 확보하기 위한 과정이라고 할 수 있다. 사실논거와 소견논거 중에서 일차적으로 사실논거에 바탕을 두는 것이 기본이다.

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이와 함께 소견논거에 대한 비판도 엄격하게 이루어져야 한다. 의견이나 자료의 출처는 믿을 만한가? 의견이나 자료는 선입관이나 개인적인 이익 또는 불공평한 선정으로 왜곡되지 않았는가? 등이 소견논거를 추론의 근거로 활용할 경우 살펴야 할 내용이다.

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추론은 이미 알려진 판단을 근거로 삼아 다른 판단을 이끌어 내는 것이다. 추론의 한 방법으로 유추(유비추리)가 있는데, 이는 하나의 현상과 다른 한 개 이상의 현상들이 기본 속성이나 관계, 구조, 기능 등에서 유사하거나 같은 형태임을 들어서 다른 요소들에서도 유사하거나 같은 형태일 것이라 추리하는 방법이다. 비교가 이미 알고 있는 두 현상 사이의 유사점에 중점을 두는 것이라면, 유추는 기준이 되는 하나의 현상만을 알고 있는 상태에서 다른 현상이 구조·기능 등에서 유사하거나 동일함을 확인하고 이를 다른 요소들에까지 확장시키는 것이다.

그리고 추론의 방법으로 널리 활용하는 것으로 연역추리와 귀납추리를 들 수 있다. 연역추리는 기본적으로 하나나 그 이상의 전제로부터 다른 어떠한 결론을 도출하는 추론 방식이다. 보통 대전제-소전제-결론의 순서로 전개된다. 귀납추리는 개별적인 현상이나 특수한 사실을 분석하고 이로부터 이들 현상과 사실이 포함되어 있는 보다 큰 범주에 대한 일반적인 결론을 이끌어내는 방법으로, 특수한 사실로부터 일반화된 사실을 도출해 내는 방법이라 할 수 있다.

그리고 추론의 과정에서 주의해야 할 내용은 다음과 같다.

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1) 논리를 벗어나지 않아야 한다. 창의적 주장을 펼치기 위하여 논리를 중심으로 삼아야 하는 것은 필수적이다. 정확한 논리 전개에 중점을 두어야 하고, 분위기를 조성하기 위하여 수식이나 비유를 사용하거나, 필자의 감정이 드러나는 말은 삼가야 한다.

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2) 쟁점을 이탈하지 말아야 한다. 논문이 쟁점의 발견에서 출발하기 때문에 쟁점 중심으로 추론을 진행해야 한다. 주쟁점을 분명하게 하고 여러 단계에 걸쳐 치밀하게 거론하면서, 부수쟁점은 주쟁점과 긴밀한 관련을 가지는 범위 안에서 꼭 필요한 경우에만 다루도록 한다. 이것이 논증의 정도라고 할 수 있다.

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3) 용어를 정확하게 사용하여야 한다. 학술적인 기본용어는 고정되어 있어야 하고, 뜻이 분명하여야 한다. 개념 규정이 명확해야 하고, 개념의 재규정이 필요한 경우 재규정을 해야 할 것이다.